Joakim Unander gjorde sin debut på Kungliga Operan 2002 och på Folkoperan i
Stockholm året innan. Det första framträdandet på GöteborgsOperan kom 2004. Under
åren 2008-2013 var Unander musikchef på Folkoperan med produktioner som exempelvis den hyllade uppsättningen av Carmina Burana 2012. 2014 gjorde Joakim Unander sin tyska operadebut på Staatstheater Kassel med Rigoletto. Han bjöds tillbaka 2015 för en ny produktion av Norma och 2016 för Die tote Stadt.
Säsongen 2015/16 var ett spännande år som präglades av tonsättaren Erich Wolfgang
Korngold. Unander skapade en mycket uppskattad version av Die tote Stadt för
kammarorkester på Wermland Opera och dirigerade även produktionen som regisserades av Sofia Jupither. 2017 dirigerade Joakim Unander Kungliga Operans stora succé produktionen Glada änkan med texter och medverkan av komikern Henrik Dorsin.
Under 2018 var Unander engagerad som första kapellmästare på Operan i Kassel och dirigerade där Jenufa, Trollflöjten, Turandot, Butterfly och konserter. 2019-2020 lades tre nya verk till repertoaren med Don Giovanni och Albert Herring på
Wermland Opera samt hans egen uppskattade kammarversion av Rhenguldet på Vattnäs Festival. Under sommaren 2020 dirigerade Joakim”Dalasinfoniettan i det gröna” och under hösten Tristan och Isolde i regi av Linus Tunström på Folkoperan i Stockholm.
Från och med maj 2021 är Joakim Unander Musikdirektör för Livgardets Dragonmusikkår i Stockholm.